При совершении некоторых платежей в системе Сбербанк Онлайн в организацию, с которой у банка нет договора, взимается комиссия в размере 1% от суммы. Данная комиссия не списывается с платежа, а увеличивает сумму платежа (если у Вас платеж 900 р., то с учетом комиссии списаться должно было 909 р.). Соответственно, перевод у Вас прошел без взимания комиссии, и при подтверждении платежа это было указано.
Для уточнения подробной информации о списании с Вашей карты, я рекомендую Вам позвонить в контактный центр банка по бесплатному телефону 8-800-555-555-0.